运行实验
序列分析、结构比较、对检索记录的批量筛查等计算实验，以任务形式运行：输入明确，输出保留，而不是一段一次性的文字。
让工具自带出处。
让双手完成工作。
Perslis 是围绕 Peel 运行的科学运行时。它是一个正在使用中的试点系统，把推理会话连接到科学记录——文献、分子数据、通路与计算——并遵守同一条契约：每个结果都必须注明它来自哪个数据库，否则就是一个错误。返回的结果可以检查，也可以据此行动。
我们自己研究工作中使用的试点系统；不是托管服务，此处不声称任何生物医学发现。
5工具层次
35有依据的工具
22带来源锚定的数据库
数字来自试点运行时及其针对所封装公共服务的测试；这些是规模指标，不是准确率或覆盖率。
把你的实验室接好，
直接跑起来。
不需要特殊设备，也不必推倒重来 —— 我们连接的正是你实验室已经在用的系统。文献、结构、变异、化学与通路走下方这些服务；WetHands 一侧对接 LIMS、电子实验记录本与仪器 API。一个受治理的控制台，每个答案都钉定来源。
PubMed Central
UniProt
AlphaFold DBInterPro
ClinVardbSNP
Reactome通过各服务的公共接口实时查询，并遵守来源契约。名称与标识归各自所有者所有；不代表合作或背书。
从科学记录，
到可问责的回答。
运行时把访问组织为五个层次。无论哪一层返回结果，来源契约都同样适用。
- 01
文献
检索并阅读 PubMed、PMC、arXiv 与 bioRxiv，以及 OpenAlex 和 Semantic Scholar 的学术图谱。结果携带标识符，而不只是摘要。
- 02
分子数据
UniProt、PDB 与 AlphaFold 结构，Ensembl 与 NCBI 序列，InterPro 结构域，ClinVar 与 dbSNP 变异，PubChem 与 ChEMBL 化学数据——以稳定编号组织的类型化记录。
- 03
计算
使用标准科学 Python 在检索到的记录上运行分析，并在独立的工作进程中执行，使计算结果始终与其输入保持关联。
- 04
来源契约
每个工具结果都携带来源：数据库、标识符、可解析的 URL 与检索时间。无法锚定来源的结果将作为错误返回，绝不冒充回答。
- 05
知识与通路
KEGG 与 Reactome 提供通路语境；共享术语表让概念与机制锚定在经策展的参考上。
数据库通过其公共接口实时查询；运行时不保存镜像，也不自行添加事实。
阅读记录只是科学的一半。
WetHands 负责另一半。
WetHands 是运行时的行动通道——真正动手的那部分。实验以受管理的任务形式运行：从推理会话启动，在隔离的工作进程中执行，可监控、可取消，并与输入一起保留——让动手与阅读承担同样的问责。
不松手的双手
长时间实验转入后台任务，状态落盘保存。一次运行可跨会话重启存续，并在长达一天的时间里如实汇报进度。
接入你的系统
同一份任务契约就是对接你基础设施的集成面：实验室信息系统、仪器与湿实验室自动化 API、数据平台。一侧是你的 API，另一侧是来源契约。
行动同样诚实
说不清运行了什么、基于哪些输入、产出了什么的任务，就是失败的任务。行动不享有任何契约豁免。
试点系统目前运行计算实验；湿实验室与仪器接入是与每个伙伴共同界定的集成工作——契约已为此准备就绪，此处不声称任何自主实验室。
锚定到记录，
否则作为错误返回。
有来源，或者被拒绝
缺少来源不是格式问题，而是失败的结果。未锚定的路径按失败关闭处理，无来源的主张无法作为知识流入下游。
生成不能自证
语言模型负责调用工具和表达结果，但不决定什么是有依据的。证据地位来自标识符背后的记录——这与 Peel 在符号层执行的是同一种分离。
诚实的失败
限流、缺失记录和空结果按其本来面目返回。不可用的来源就是不可用，而不是一段流畅的猜测。
有边界的执行
工具调用遵守各服务的请求限制与既定预算。善待公共科学基础设施是设计的一部分，不是事后的补丁。
检索带来证据。
知识仍需赢得支持。
运行时让推理会话触达世界；Peel 决定所得如何成为知识。检索到的摘要或蛋白质记录是待检查的证据——被连接、被类型化、可接受冲突检查——而不是等待转述的文字。
同一条纪律，两个执行点
当图谱缺少关系时，Peel 返回未知；当结果缺少来源时，运行时返回错误。两者都拒绝让流畅代替依据。
做科学的系统，
应当像科学一样进步。
这个运行时位于我们的进化计划之内：一个达尔文-哥德尔机（DGM）风格的循环——系统对自身工具提出改进，再由提议者看不见、也无法投机的留出裁决决定什么被采纳。这个循环的目的与来源契约一致：要可验证的进步，不要自我吹捧的进步。
为诚实而选择
自我改进的系统会漂向奖励所度量的任何东西。正因如此，这里的裁决是留出的、以结果为准的：一项改动只有在可证明地做出了更好的科学之后，才会被推广。
以试点形式构建。
对照真实记录测试。
运行时带有模拟与实时两套测试，并通过 Model Context Protocol（MCP）在我们自己的研究工作中使用。与领域伙伴一起扩展它，并对照专家参考答案进行评估，是我们正在推进的验证路线。
研究原型；不用于诊断或治疗决策。
运行时，跑起来。
一段简短、未剪辑录屏：科学循环在同一钉定来源的契约下，端到端地驱动一次研究周期。录制于研究原型。
科学运行时
科学循环在同一契约下端到端地运行整个研究周期。
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